在信息化规划中，首先要避免主体缺位，如下原因可能造成主体缺位：
1. 医院自身的信息技术人员素质不够，请第三方咨询和实施，过于忽略自身的管理实际，第三方越俎代庖，造成主体缺位。
2. 认为自己是甲方，把自己当成裁判，把医院信息化建设成败与否看成是第三方的事情，造成主体缺位。
3. 过于信奉技术第一，把信息化建设理解成技术人员的事情，信息化主体不全，造成主体缺位。
要避免主体缺位，首先必须理解医院信息化规划是医院的内生需求，不应是一种外力加给的，只有当医院自身深刻认识到信息化规划的缺失所带来的一系列问题和后果，并继而从内在生发出对信息化建设进行统筹规划的需求时，信息化规划才可能成功，信息化规划所涉及的信息化建设的目标、范围、进度、里程碑等内容，才不会只存在于咨询顾问的报告上，只是在高层汇报时昙花一现，而是真正进入到相关领导的头脑思考中，真正成为一个要被执行的“规划”，真正去指导信息化建设工作的开展。
有人认为信息化规划工作很简单，随便找个团队，上网查查资料，去其他医院参观一下，邀请有意的软件商介绍一下，把各类资料拼凑起来就形成了信息化规划。也有医院向全院各部门调研，把大家希望建立的信息系统按照时间罗列出来，就形成了信息化规划。以上方法作出的规划只能是简单的模仿，低水平的建设，满足用户表层的需求，解决表层的问题。好的信息化规划必须采用科学的方法，遵循严谨的步骤。医院信息化规划是通过医院组织架构的调整、业务流程的优化、绩效体系的改革来促进医院发展战略的实现。信息化规划时，需要对医院发展战略、医院管理模式、业务流程、信息化技术等方面进行系统的理解和把握。因此，医院信息化规划需要有一个强有力的领导和一个对医疗业务、医院管理和信息技术都熟悉的团队。
信息化不仅是技术变革，也是管理变革，医院信息系统是信息技术与管理手段、思想和方法的结合，医院无论采用怎样的技术与管理手段，其最终目的都是为了实现医院发展战略。医院信息化建设必须与医院的发展规划相适应，才能发挥作用，有效地支撑医疗业务的开展。
医院信息化建设是一个渐进的过程，随着医院发展战略、管理模式和业务流程的变革，信息化规划也要随之变化。医院信息化规划是医院信息化建设的方向，也是适应医院发展战略变革的关键。医院信息化规划工作能够从战略的高度、管理的视角重新审视医院信息化建设的现状与不足，并结合国内外行业最佳实践、信息技术应用趋势，对医院的信息化建设战略、目标、应用架构、技术路线等进行系统的思考、统筹的规划、详细的分析，为医院下一步信息化建设提供具有操作性的指导。
有人不详细了解本院信息化建设的现状，医院的实际情况和对信息技术的需要，一拿到任务，就直接编写总体规划文件。
组织的管理是一个复杂的系统，要了解其内部管理过程，准确描述和量化，产生与决策控制过程相关的数据，需要对整个组织管理系统深入理解和对应用环境准确把握并提出信息化建设需求。对于医院信息化规划来说，首先需要调研医院的组织架构和管理模式，调研医院业务中存在的问题，调研医院发展战略，调研医院信息化建设的现状，详细分析医院信息系统到底存在什么问题，医院到底需要什么，明白规划背后的目的，如业务支撑、部门发展、系统问题等。只有这样，信息化规划才能有的放矢。
医院信息化规划没有首先进行业务流程重组优化和管理模式的总结提升，只能说是简单的电脑化，还不能称为信息化。医院信息系统是对医院业务的全过程进行管理的人机系统，自动化程度高，必须以规范的管理模式为基础，医院信息系统才能有效发挥作用。在开发前，必须对不规范的管理模式进行规范，对落后的业务流程进行重组，对于小规模的医院尤其如此。管理的规范化是管理组织、过程等的科学性、合理性的要求，管理的规范化程度受医院规模的影响较为明显。大规模医院由于管理的要求较高、机构较完备，管理活动较规范。小规模医院的管理往往集中在院领导手中，领导的决策有很大的主观性、随意性，医院的部门之间缺乏制度进行规范，随着规模的扩大，其缺点不断显现。很多医院信息化建设失败的原因在于没有认识到这个问题的重要性。对于许多希望利用医院信息系统提高管理效率的医院而言，把信息化建设作为规范管理、提高效率的契机，无疑比医院信息系统开发本身更有意义。
也有人在应用软件系统选型方面描述过细，主次颠倒。信息化规划不是具体信息系统的开发和实施，对于详细的业务流程和具体的系统功能等内容是信息系统开发和实施的任务。信息化规划只是提出医院信息化建设的远景、目标和战略，制订医院信息化的总体架构，确定信息系统之间的逻辑关系建设先后顺序，确定信息化建设的实施策略和保障措施。
计算机硬件是看得见的，容易让大家理解和关注，所以在信息化规划时，医院常常关心需要花多少钱买什么设备。然而，信息化建设最关键的还是软件技术，往往同样规模的医院采购的信息系统软硬件设备相同，但信息系统运行的效果却完全不同。信息化建设所涉及的软件技术，不仅是简单操作系统、数据库系统、开发工具，更需要考虑信息系统平台技术、信息标准、信息集成和利用技术，这些技术都将明显地影响信息系统的效果。
在制订信息化规划时，如果应用系统覆盖的业务范围、系统之间的边界划分不清，没有明确的系统间集成与接口定义，将导致应用系统难以集成，增加成本。如果没有在整个医院层面进行数据的统一定义，制订统一的数据标准，将无法保证不同应用系统中的数据唯一性， 造成各个业务领域数据报表统计口径不一致，报表数据不准确和不可信。
信息化技术发展迅速，更新换代频繁，信息系统新功能的实现速度远远超过可规划的范围。部分规划只是把市场上各种运行多年的子系统罗列出来，或者直接把他人的过去的规划拿过来用，采用的是即将被淘汰的技术，导致规划一实施就落后。新系统采用的技术落后，无法适应业务的变化，当业务流程变化时，信息系统升级困难，甚至需要重新实施或开发。更重要的原因是，规划没有考虑医院业务流程的变化，设计的功能前瞻性不够。
好的规划要获得医院通过才能使设想成为实际，理想成为现实。因此，信息化规划报告要避免过分依赖甚至迁就某供应商，以该供应商的产品规划替代医院的信息化规划，主次颠倒；要避免大量采用技术术语，使医院决策者难理解；要避免大篇幅描述技术细节，淡化目标和效果；要避免脱离对医院发展规划的支撑，只强调信息化建设的发展前景，为信息化而信息化。